1995年，矿加快高产高效矿井建设步伐，组织实施“双百万”工程，矿井全年原煤产量完成360多万吨，总进尺完成15816米，回采工作面平均单产达到162814吨/月/个，形成“一井两面”生产格局。矿被中国煤炭工业部协会命名为“特级高产高效矿井”。

1995年，鲍店煤矿在全煤系统率先建立运行了IS09001质量保证体系。10月30日一11月1日，一次性通过了上海质量认证中心与挪威船级社工业服务部联合质量体系审核组的审核认证，成为全煤系统首家同时获得国际、国内权威机构认证的矿井。

1995年2月，矿工亡职工子女王艳患有病毒性脊椎炎，短短十余天，矿区各界人士近万人自发捐款5.3万元，这是建矿以来规模最大、影响最广、持续时间最长、参与人数最多的献爱心大行动。

1996年1月17日，矿务局举办“鲍店煤矿质量体系认证新闻发布会”。煤炭部科教司司长、中煤质协理事长何卜融，山东省煤管局、中央电视台、经济日报等单位以及矿务局有关处室的400多人参加了发布会。会上，上海质量体系认证中心和挪威船级社工业服务部，分别向矿颁发了质量体系认证书。

1996年4月3日，矿首次提出“职工六项权利”在全国煤炭系统推广。1.区队班前会不讲安全，工人有权拒绝下井;2.现场没有跟班领导和安监员，工人有权停止生产;3.干部违章指挥，工人有权拒绝生产;4.安全设施不完善，工人有权不进入现场;5.安全设施没有保障，工人有权撤离现场;6.跟班盯岗干部早上井，工人有权早上井。

1996年4月22日，在煤炭部生产工作会议上，矿被命名为部级“双高”和质量标准化矿井。全年实现原煤产量408.17万吨，首次突破400万吨大关。综采二队产煤230.79万吨，位列全国创水平采煤队第四名。

1996年6月10日，矿召开鲍店煤矿投产十周年庆祝大会。

1997年，兖矿集团组织实施“5354"工程。鲍店煤矿全年原煤产量完成396万吨，其中，综采二队产煤263.49万吨。位列全国创水平采煤队第五名。

1997年，面对煤炭市场供大于求的压力，鲍店煤矿以煤质运销为龙头，扩大新客源、开辟新市场，实现盈利2.6亿元。

1998年2月1日，矿被煤炭部命名为“部特级高产高效矿井”。10月生产原煤39万吨，创出建矿以来月产最好水平。综采二队全年产煤301.1万吨，达到年产300万吨现代化采煤队标准。

1998年2月，矿以《煤矿安全规程》为标准，结合各工种、岗位特点编撰了《煤矿安全三字经》。国家煤炭部副部长王显政为《煤矿安全三字经》题名。

1998年8月31日，矿开展“向南方灾区抗洪赈灾捐助”活动，干部职工共捐款57.2万元，并捐赠棉衣棉被等大批物资。2020年9月29日，矿举行“向全省重点煤矿特困职工献爱心捐款”仪式，干部职工共捐款10.7万元。2000年10月18日，矿开展“为济宁重点水利工程建设捐资” 活动，干部职工共捐款79万元。

1998年10月25日，矿机载锚杆钻机及其支护技术、主井绞车电控系统改造、防爆型机载瓦斯断电仪研制和主排水泵微机监测四个课题，均通过省煤管局鉴定，达到国际先进水平。

1999年3月2日，全煤文明矿创建工作座谈会在矿召开。6月7日，参加全煤系统“文明矿创建工作座谈会”的一百多人来矿参观。全煤政研会会长兼中国煤炭报社社长马德庆、副会长纪洪德，山东省煤管局，兖矿集团党委有关领导，对矿文明创建工作成绩给予高度评价。

1999年5月1日，集团公司“首届职工文化艺术节”开幕式在矿体育场举行。

2000年初，铁路外运全线受阻，鲍店煤矿及时开通汽运集港通道，组织周边县市的200多辆货车，集中往日照港运煤，缓解了运输“瓶颈”制约，保证了出口煤需要。

2000年，以主副井提升系统、井下原煤运输系统“三下煤”开采、选煤厂技改、地面排矸系统为主要内容的“六大技改工程”全面实施，提高了矿井科技装备水平和生产能力。

2000年5月1日，矿成立全煤系统第一家“特困职工家庭互助合作社”。